In het huishoudelijk reglement staan de interne afspraken over de werking van de verschillende VFL-organen: VFL-bestuur, dagelijks bestuur, adviescommissies, Beslissingscollege, Beroepscommissie en VFL-team. Per orgaan wordt er ingegaan op de bevoegdheden en de wijze van besluitvorming.
Verder bevat het huishoudelijk reglement afspraken over financieel beheer, openbaarheid van bestuur en deontologie. De bijlagen, tot slot, geven informatie over de vergoedingen voor commissie- en bestuursleden, de bezwaarprocedure en de delegatiebevoegdheid.